Abyste pochopili, jak funguje skimmerový bazén, musíte vědět, jakou cestou voda prochází v systému. Voda sebraná skimmerem je vedena potrubím do filtrační nádrže, kde je mechanicky očištěná od nečistot pomocí pískového filtru.
Kromě toho voda prochází topným systémem a může být také dezinfikována pomocí ionizátorů, UV lamp. Voda se vrací do bazénu pomocí trysek, která je již čistá a ohřátá na teplotu pohodlnou pro koupání.